Phòng 1: Niên biểu lịch sử YHCT VN

Niên biểu lịch sử Y học cổ truyền Việt Nam nêu lên các sự kiện đáng kể trong quá trình hình thành và phát triển của YHCT.

Phòng 2: Bàn thờ Y tổ

Bàn thờ Y tổ thờ hai danh y lỗi lạc của VN: Thiền sư Tuệ Tĩnh (TK 14) và Hải Thượng Lãn Ông – Lê Hữu Trác (TK 18).

Phòng 3: Dụng cụ YHCT thời tiền sử

Phòng trưng bày một số hiện vật đồ đá và đồ đồng liên quan đến y học cổ truyền có niên đại từ thời tiền sử.

Phòng 4: Danh y Việt nam

Trưng bày 15 bức tranh sơn son thếp vàng của các danh y và tác giả y học cổ truyền Việt Nam từ TK XIII – TK XIX.

Phòng 5: Tháp chàm

Kiến trúc của bảo tàng thể hiện những nét đặc trưng của kiến trúc truyền thống các vùng và dân tộc của VN: có nhiều nét nhà miền bắc (Bắc Bộ) – lưu vực sông Hồng, có nét của Huế và có một nét của dân tộc Chàm.

Mặt khác của cái tháp nhỏ này mô phỏng cổng vào Y miếu Thăng Long được xây dựng năm 1780 tại Thăng Long – Hà Nội.

Phòng 6: Di tích YHCT VN

Giới thiệu vài nét khái quát về y học Phương Đông với lịch sử của Trung Y, Việt Nam, Hàn Quốc, Nhật Bản.

Phòng 7: “Cây YHCT Việt Nam” (100 danh y và tác giả YHCT Việt nam)

Đây là bức tranh chạm gỗ mang tên Việt Nam Bách Gia Y – Một cây đại thụ trên đó được gắn tên tuổi của 100 danh y – tác giả y học cổ truyền VN.

Trong tủ kính là một số cuốn sách tiêu biểu về các khoa của YHCT: dược học, châm cứu học, phụ khoa, nhi khoa, nhãn khoa, dưỡng sinh.

Phòng 8: “Việt Nam bản thảo” (dược liệu Việt Nam)

Phòng trưng bày hơn 300 mẫu những cây thuốc và động vật, khoáng vật làm thuốc YHCT. Tập tranh “Việt Nam bản thảo” gồm gần 2000 cây thuốc. Dụng cụ bào chế thuốc: Dao cầu, thuyền tán, chày cối…

Phòng 9: Dụng cụ bào chế thuốc Đông y: dao cầu, thuyền tán

Đây là bộ sưu tập một số dụng cụ bào chế thuốc YHCT: Dao cầu, thuyền tán. Thuyền tán là dụng cụ để tán thuốc khô thành bột. Dao cầu là dụng cụ để cắt thuốc thành những phiến mỏng.

Phòng 10: Mô hình nhà thuốc bắc thế kỷ XIX

Trong góc của phòng này mô hình một tiệm thuốc bắc. Bộ tủ và quầy bán thuốc là bộ đồ gỗ TK XIX.

Phòng 11: Bộ sưu tầm hũ rượu

Rượu thuốc là một phương pháp bào chế thuốc có từ lâu đời.Từ ngàn xưa lưu truyền phương pháp ngâm rượu để đạt được chất lượng cao nhất là phương pháp ngâm “Hạ thổ”, người Việt ưa dùng các hũ sành sứ để ngâm rượu, chủ yếu là rượu bổ.

Phòng 12: Bộ sưu tầm ấm chén thuốc

Trong phòng này có những bức tranh khảm trai mô tả những hoạt động liên quan đến Y học cổ truyền: Cảnh hái thuốc, bào chế thuốc, bắt mạch, kê đơn… và bộ sưu tập ấm trà, chén uống thuốc, bình trà, bình vôi.

Phòng 13: Bộ sưu tầm dụng cụ cân, giã thuốc

Trưng bày các các hiện vật sử dụng rộng rãi trong trong các tiệm bán thuốc cũng như trong đời sống hàng ngày của người Việt: chày cối, cân ta, cân tây từ thời Pháp, cuối thế kỷ XIX.

Phòng 14: Bộ sưu tầm ấm sắc thuốc

Trưng bày các ấm hay siêu sắc thuốc được sưu tầm từ khắp các tỉnh của Việt Nam.

Phòng 15: Bộ sưu tầm bình rượu thuốc

Bộ sưu tập các nậm rượu, hũ rượu và ấm đựng rượu. Hình dáng và chất liệu của các hiện vật đa dạng, có niên đại khác nhau từ TK I-III đến gốm hiện đại TK XX.

Phòng 16: Thái y viện

Mô hình Thái y viện là nơi chăm sóc sức khỏe cho vua chúa và hoàng tộc..

Phòng 17: Phòng chiếu phim

Phòng chiếu phim (50 khách/lượt), quý khách xem phim tư liệu: “Kinh nghiệm thế kỷ chăm sóc sức khỏe”. có 5 thứ tiếng: Việt, Anh phụ đề tiếng Đức, Nga, Pháp.

Phòng 18: Quầy hàng lưu niệm

Điểm dừng chân, quý khách thưởng thức trà thảo dược miễn phí tại Cửa hàng. Nơi trưng bày và bán những sản phẩm đông y như các loại thuốc, trà thảo dược, rượu bổ, các sản phẩm hữu cơ (trà, dầu gội, sữa tắm)…